Arrêt maladie et congés payés : comment gérer les imprévus ?

Personne ne choisit de tomber malade. Qu’un salarié soit en poste ou en vacances, une grippe ou un accident peuvent tout bouleverser. Ces situations sont imprévisibles, mais le Code du travail encadre précisément leurs conséquences sur les congés payés.

Lorsqu’un salarié est en arrêt maladie, son contrat de travail est suspendu, à condition que cette situation soit justifiée par un certificat médical.

L’objectif est clair : permettre au salarié de se rétablir sans préjudice pour son emploi.

Mais que se passe-t-il lorsque la maladie survient avant ou pendant les congés payés ?

Deux cas de figure se présentent :

Le salarié tombe malade avant ses congés payés

Prenons un exemple :
Un salarié a posé 10 jours de congés du 6 au 16 octobre.
Le 2 octobre, il tombe malade et son médecin lui prescrit un arrêt de travail de 7 jours, soit jusqu’au 8 octobre.

La première réaction pourrait être : “Il profitera de ses congés pour se remettre, et reviendra comme prévu.”

Mais juridiquement, ce n’est pas si simple.

Le congé payé a pour finalité de permettre au salarié de se reposer et de profiter de loisirs. Or, lorsqu’on est malade, il est difficile de réellement profiter de cette période.
C’est pourquoi le Code du travail prévoit que les congés payés ne peuvent pas se confondre avec un arrêt maladie.

Ainsi, si la maladie débute avant le congé, le salarié peut reporter ses jours de congés à une date ultérieure.

Dans notre exemple, le salarié dispose de plusieurs options:

  1. Reprendre le travail le 9 octobre et fixer un nouveau départ en congé ;
  2. Conserver les dates prévues, mais ne voir décomptés que 7 jours de congé au lieu de 10, puisque les jours d’arrêt maladie ne sont pas comptabilisés ;
  3. Décaler la période complète du 9 au 20 octobre pour bénéficier de ses 10 jours de repos comme initialement prévu.
 
Le choix doit toujours se faire en concertation avec l’employeur, qui reste décisionnaire sur les dates.
Arrêt maladie avant CP

Le salarié tombe malade pendant ses congés payés

Imaginons maintenant que votre salarié est bien parti en congés le 6 octobre, comme prévu. Le lendemain, le 7 octobre, il part en randonnée en montagne, fait une
mauvaise chute et se fracture la jambe. Son médecin lui prescrit alors un arrêt maladie de 14 jours.

Dans ce cas, comme pour une maladie survenue avant le début des congés, le salarié a le droit de reporter les jours de congé qu’il n’a pas pu effectivement prendre en
raison de sa maladie.

Deux options s’offrent alors à lui :

  1. Reprendre le travail à l’issue de son arrêt maladie, soit le 21 octobre, puis convenir avec l’employeur d’un nouveau départ en congé ultérieurement ;
  2. Décaler la période de congés et les reporter du 21 au 30 octobre, afin de bénéficier pleinement de ses 10 jours de repos initialement prévus.
 

Dans les deux cas, le salarié doit informer son employeur le plus rapidement possible et transmettre un arrêt de travail justifiant de la période d’incapacité. Sans ce justificatif médical, les congés resteraient considérés comme pris.

Encore une fois, cette réorganisation se fait avec l’accord de l’employeur.

Arrêt maladie pendant CP

En pratique : que doit faire l'employeur ?

  • Vérifier que le salarié a transmis un arrêt de travail valide et dans les délais.
  • Suspendre le décompte des congés payés sur la période d’arrêt.
  • Permettre, le cas échéant, le report des jours non pris.
  • Mettre à jour les éléments de paie en conséquence (maintien de salaire, indemnités journalières, etc.).

Une évolution juridique récente à connaître

Cette possibilité de report n’a pas toujours été aussi claire. Jusqu’à récemment, la loi ne prévoyait pas expressément le report des congés payés en cas d’arrêt maladie. Mais la Cour de Cassation, dans un arrêt du 10 septembre 2025, est venue clarifier la situation :

Le salarié placé en arrêt de travail pour maladie survenue pendant ses congés payés a le droit de bénéficier ultérieurement des jours de congé coïncidant avec la période d’arrêt maladie.

Une décision qui renforce la protection des salariés et aligne la jurisprudence française sur le droit européen.

En conclusion

Bien sûr, personne ne souhaite que ses collaborateurs tombent malades ou subissent un accident, encore moins pendant leurs congés.

Mais en tant qu’employeur, il est essentiel de connaître les règles applicables pour réagir sereinement et équitablement à ces situations parfois délicates.

Notre cabinet reste à votre disposition pour :

  • vous informer sur les dernières évolutions du droit du travail,
  • vous accompagner dans la gestion de ces cas particuliers,
  • et sécuriser vos pratiques RH au quotidien.